Suicaアプリケーションにて、以下の手順で解除できます。

1. Suicaアプリケーションを起動しログイン
2. Suicaアプリのトップ画面でオートチャージ設定を解除したいSuicaを選択
3. [Suica管理]をタップ
4. [オートチャージ設定]をタップ
5. オートチャージ設定画面で[利用しない]をタップ
6. オートチャージ設定画面で設定内容を確認の上[決定]をタップ